harnodp on September 5th, 2010

Gambar ini menunjukkan salah satu langkah pemodelan molekul yang menggambarkan interaksi suatu senyawa (umumnya obat) dengan reseptornya, yang dikenal dengan pendekatan molecular docking. Molecular Docking yang tergambar tersebut adalah bagian dari studi tentang Design of HIV-1 Protease Inhibitor. Saya tidak sedang menjelaskan bagaimana “rumitnya” memodelkan fenomena tersebut, tetapi ingin mengambil suatu pembelajaran dari keteraturan sunnatullah (hukum Allah), bahkan dalam mengatur gerak dan “taat”nya suatu senyawa kimia dalam berinteraksi dengan senyawa lain. Untuk itulah judul posting kali ini adalah “Berawal dari Keterikatan”.

Interaksi suatu senyawa dengan reseptornya ditentukan oleh GAYA ANTAR MOLEKUL yang dapat terbentuk antara keduanya (ikatan hidrogen, van der Walls, elektrostatik, dipol dll). Gaya antar molekul dapat berupa GAYA TARIK dan GAYA TOLAK. Kedua gaya tersebut yang mengatur KETERIKATAN antar senyawa sedemikian hingga keduanya dapat melakukan interaksi optimal, bagaikan kapal yang berlabuh (docking) di dermaganya.

Keterikatan itulah kiranya yang dapat memberikan gambaran tentang interaksi satu orang dengan orang lain. Hanya dengan kesesuaian gaya interaksi antar person inilah yang memungkinkan suatu hubungan dapat terjalin dengan baik. Tidak hanya dalam hubungan antara dua insan yang sedang jatuh cinta, tetapi dapat berlaku umum untuk segala kepentingan dan maksud untuk membentuk kolaborasi.

Masing-masing orang harus menyumbangkan energi dan miliknya untuk membentuk ikatan yang kuat, masing-masing harus memberikan sebagian miliknya untuk dimiliki bersama, saling berbagi untuk mewujudkan ikatan yang dicitakan. Ini bukan sebuah pengorbanan, tetapi sebuah persembahan untuk membentuk keterikatan antara dua personal yang berkomitmen membentuk sebuah hubungan yang harmonis.

Apapun yang kita pelajari, apapun bidang kajian kita, sesederhana seperti apapun pekerjaan kita, kalau kita menyisakan waktu untuk merenungkan sebuah kejadian, pasti akan didapatkan filosofi sebuah kehidupan yang serba teratur, itulah Kuasa Allah Yang Maha Pencipta, selalu menciptakan sesuatu tanpa sia-sia.

harnodp on August 14th, 2010

Beberapa hari yang lalu, ada kesempatan untuk melihat dari dekat fasilitas penelitian yang ada di Wanagama, Wonosari Gunungkidul Yogyakarta. Beruntung, temen-teman dari Fakultas Kehutanan UGM mengajak jalan-jalan pagi sambil melihat koleksi tanaman yang berada di Wanagama.

Sampailah pada suatu tempat yang sengaja dibuat suatu irisan tegak sehingga dapat terlihat akar dari suatu pohon yang menembus celah bebatuhan keras sampai menuju kedalaman tertentu. Subhannallah, tanaman yang diberikan Tuhan naluri bertahan hidup telah menunaikan sunatullah (hukum Allah) dengan berusaha keras menjulurkan akarnya, mencari sumber kehidupan untuk menjaga amanah yang telah diberikan oleh Sang Pemelihara Kehidupan. Kita diberikan perangkat yang lebih lengkap dibandingkan dengan tanaman dalam mempertahankan, mengisi dan menjalani kehidupan, dan kita yang diberi amanah sebagai kholifah di muka bumi, kiranya dapat bercermin pada keinginan besar dari tanaman yang tetap berusaha dengan keras dalam menjalani kehidupan.

Kerasnya hidup di atas bebatuan

Tidak hanya bergerak secara vertikal, sang pohon menyebar akar-akar pencari kehidupan ke arah horizontal, melewati batuan cadas nan keras, mencapai sumber rezeki sejauh….dan sejauh yang dapat dijangkaunya demi menghidupi batangm daun dan ranting. Semoga fenomena ini menjadi penyemangat kita dalam menjalani kehidupan yang selalu indah jika kita memaknainya secara positif dan selalu mengembangkan pikiran dan prasangka baik atas semua ketentuan Allah. Seperti halnya perintah Allah kepada manusia untuk “membaca” segala yang terbentang di alam ini dalam upaya memaknai hidup.

batuan bertanaman

Kehidupan di antara kekurangan

Tak banyak tempat yang dapat dijadikan lahan untuk hidup, namun selalu saja ada tanaman dengan segala nalurinya untuk memanfaatkan lahan untuk meneruskan kehidupannya. Cerminan bagi kita untuk selalu dapatkan kesempatan dalam memanfaatkan segala hal yang dibentangkan Allah di muka bumi ini sebagai sarana dalam menapaki tugas mulia yang telah diberikan Sang Pencipta. Semoga hal ini mampu memberikan pemahaman yang hakiki tentang arti sebuah kejadian, terutama di bulan Ramadhan. Selamat menunaikan ibadah puasa Ramadhan.

harnodp on May 17th, 2010

Perkawinan antar satu ilmu dengan ilmu yang lain tidak terbendung lagi. Satu masalah tidak dapat diselesaikan secara tuntas hanya dengan menggunakan satu pendekatan suatu cabang ilmu saja. Pemecahan masalah dengan pendekan mutidisiplin menjadi sebuah kebutuhan. Pada dasarnya seorang pakar hanya kompeten di bidang yang digelutinya, sehingga akan sangat bermanfaat jika para pakar berbagai bidang menyatukan tekat untuk saling mengisi dan melengkapi kepakarannya dengan memasukkan tinjauan dan analisis oleh pakar lain dalam menyelesaikan masalah.

Ahli kimia sebagai salah satu ilmu dasar memiliki peranyang sangat penting dalam memberikan jawaban atas suatu masalah yang telah banyak dikaji oleh cabang ilmu lain. Pada kesempatan ini dapat ditinjau dari peran kimia bagi para peneliti kesehatan. Ide ini saya sampaikan setelah selama 2 hari “menamani” para peneliti kesehatan untuk membentuk Asosiasi Peneliti Kesehatan Indonesia (APKESI) di Bandung. Inisiator dari terbentuknya APKESI adalah Badan Litbang Kesehatan.

Ketika suatu topik kesehatan merambah pada penjelasan tentang peran senyawa dalam skala molekuler, maka tidak bisa lain harus menggunakan kimia dalam memberikan kejelasan dan penjelasan untuk menyelesaikannya. Molecular docking merupakan pendekatan yang banyak digunakan untuk mempredikasi model atau mekanisme interaksi suatu obat dengan reseptor. Hasil analisis dari pendekatan docking molekular ini dapat digunakan untuk memprediksi dan mengoptimalisasi senyawa obat untuk suatu penyakit tertentu.

QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationship) merupakan teknik yang banyak digunakan oleh dunia farmasi untuk memprediksi suatu senyawa obat baru yang lebih potensial untuk suatu penyakit tertentu dengan menggunakan pendekatan in silico. QSAR berkembang secara cepat dengan adanya dukungan unjuk kerja komputer. Penggunaan komputer dalam menyelesaikan masalah kimia, secara umum dikenal dengan Kimia Komputasi atau pemodelan molekul.

Apakah peneliti kesehatan harus mempelajari kimia secara detail sedemikian hingga mereka memiliki kompetensi di bidang ilmu kimia? saya kira hal ini tidak terlalu baik kalau ditinjau dari keinginan bahwa masing-masing peneliti harus memiliki kesempatan yang baik untuk terus meningkatkan kemampuannya. Hal yang perlu dilakukan adalah ketersediaan dan kemauan untuk bekerja dalam suatu kelompok peneliti multidisiplin yang memungkinkan setiap pakar memberikan masukan dan analisisnya untuk menyelesaikan masalah yang sedang dikaji.

Selamat bagi kelahiran APKESI, semoga dapat bekerjasama dengan berbagai asosiasi profesi yang lain dalam upaya mencapai derajat kesehatan masyarakat Indonesia. Amin.

harnodp on May 10th, 2010

Keindahan, kesemrawutan, dan metropolis Jakarta sudah banyak dinikmati orang. Ini bebepa foto yang memotret sebagian dari Jakarta dari sudah mata-ku.

harnodp on May 8th, 2010

Banyak yang mengenali Prambanan sebagai tujuan wisata Yogyakarta, tapi jarang yang melwatkan waktu untuk melihat kekayaan budaya nusantara yang terletak 3 km selatan candi Prambanan, yaitu Keraton Boko. Keraton Boko menyajikan peninggalan keraton yang mencerminkan keindahan dan kekuatan di jaman kerajaan abad 7-8.

Pendopo

harnodp on May 8th, 2010

Keinginan untuk dapat meningkatkan peran serta kimiawan Indonesia dalam memecahkan permasalahan bangsa dan negara, ditunjukkan dengan adanya kegiatan rapat angota Himpunan Kimia Indonesia (HKI) cabang Yogyakarta pada hari Sabtu, 8 Mei 2010 di FMIPA UGM.

Agenda kegiatan adalah Seminar Sehari dan pemilihan pengurus HKI cabang Yogyakarta. Prof. Dr. Nuryono (Kimia FMIPA UGM) menyampaikan hasil penelitian tentang Perkembangan dan Pemanfaatan Material Hidrida Organo-Silika. Dr. Muhamad Abdul Kadir Martoprawiro (Keua HKI Pusat, ITB) menyampaikan materi tentang HKI: Arah, Tujuan dan Rencana Strategis ke Depan, sementara Prof. Dr. Harno Dwi Pranowo menyampaikan materi tentang Internasionalisasi Indonesian Jurnal of Chemistry (Indo.J.Chem).

Pengurus HKI cabang Yogyakarta terpilih adalah Ketua Prof. Dr. Harno Dwi Pranowo, M.Si (FMIPA UGM), Ketua 1 : Prof. Drs. Sahat Simbolon, M.Sc (Batan), Ketua 2 : Riyanto, S.Pd., M.Si.,Ph.D (UII), Ketua 3 : Dra. Hanik Humaida, M.Si (Badan Geologi), Sekretaris: Dr. Suyanto (UNY), Bendahara : Dr. Tutik Dwi Wahyuningsih (FMIPA UGM dan Dra.Wigati Rahayu, M.Pd. (SMA 1 Bantul); dan Humas : Khamidinal, S.Si., M.Si (UIN)

harnodp on May 7th, 2010

Selamat datang di Blok Chemistry for Better Life yang menjadi ajang tukar informasi tentang pendekatan kimia dalam menciptakan keadaan yang nyaman dalam kehidupan kita. Kita yang dimaksud bukan hanya manusia, tetapi melibatkan yang hidup dan yang mati, semua ciptaan Yang Maha Kuasa.